与光明本为同体，它只是蛰伏在了光明之下，黑暗在被困之前，偷天换日，给自己埋下了一颗种子，这颗种子就是黑暗巨神。
女娲在得知这些的同时，也知道了祖君们利用黑暗秘法竟然将死界和洪荒天界联通了，由于洪荒天强者不能离开洪荒天，再有以前的祖神们依然与他们在那一界互相牵制，所以无法降临死界来助它们征战四方。
由于各界都被封困了，女娲也无法脱身出死界，于是她想用刚刚杀死的祖君之骨模仿死城魔井制造一个通道，但最终没有成功，这个通道只能达到由虚凝实的作用，于是女娲便如萧晨那样回归了九州，她发现死城拘谨了很多强者，这些人已死，却被控制，只剩下保卫这座城的意识，女娲无心毁灭它们，对于祖神来说，这一切实在不足一提。女娲直接来到燧人氏的尸体旁，给他盖上裹尸布，之后到东海寻到处于迷失之中佛陀的无上无量佛身，也为其披挂了裹尸布，然后以大法力给整座龙岛设下了神光等封印，她连番战斗，所剩力量不多，一番布置之后，力竭，被拉回了死界。
女娲回到死界后，恢复了一点力量，用祖君骨骸炼制女娲戒，然后再次回到九州，以女娲戒盛装始祖龙仅剩的头骨和仅余一丝魂魄的伏羲，然后在洛阳城处将全身力量困于地下，从而达到力竭被拉回死界的目的。后来，女娲留在洛阳的力量，被萧晨驾驭的上古黄泥台吸收了。
女娲还记挂着龙族和死城，龙族是一股强大的力量，不可被永世封困，她为了给龙族留下出去的希望，将禁忌封印设定为每隔一段时间开启半年。
为了以防万一，她还炼制了祖龙船，祖龙船为始祖龙头骨炼化而成。龙王集齐可召唤祖龙船，这些龙王到外面的世界才会有更大的神性，成就祖龙的机会就更大。
而同时，她也给那些能够逃出死城的强者留了后路，那便是君王船，由祖君骸骨炼制，她将伏羲身躯安放其中，由于伏羲之前承受了死城无尽煞气，所以此时他的气息才如此阴邪。
做完这些之后，女娲开始恢复伤体，她在疗伤期间，点化了一位火种生物，而且将女娲戒送于了它，它，便是神村中人的祖上。
然而，女娲却不知道，无数岁月之后，祖君骸骨中的死亡力量和死城残留之力竟然泯灭了伏羲最后一丝残魂，此时伏羲以身上的死气为引，吸进祖君残存之力，从而踏上了另一条路，那便是逆死而生，成就祖君，他复活后定然会记起前世一切，虽为祖君，也必会守护九州。
伏羲的异变，女娲虽不知晓，但对